Тут есть два варианта:
Первый - тот, что Вы обозначили. Только удалять не надо, достаточно оперативно исключить из печати красным крестом.
Второй - сохранять модели в соответствующую группу, которую печатать не надо. Будут группы для печати и группы непечатные.
Мы у себя делали по первому варианту. Не знаю почему, но пара-тройка кликов (закрыть крестом) сложностей не вызывала. У нас был четкий внутренний стандарт на оформление библиотек, поэтому никто из четырех конструкторов, даже видя библиотеку в первый раз в жизни, не промахивался.